La contaminación por perclorato en el agua potable puede provenir de diversas fuentes. Además de los depósitos naturales, las fuentes antropogénicas como los fertilizantes y los residuos de combustible para cohetes se suman a la peligrosa contaminación del agua. El perclorato interfiere con la absorción de yodo en la glándula tiroides. Los recién nacidos y los niños son especialmente vulnerables, ya que las hormonas tiroideas son esenciales para el crecimiento. Además de la cromatografía iónica (CI) seguida de la detección de conductividad, se puede utilizar la CI unida a un detector MS para medir el perclorato hasta niveles inferiores a µg/L. En esta aplicación, la CI se une a una MS de triple cuadrupolo (IC-MS/MS) para la determinación de perclorato con el fin de cumplir con los requisitos de la EPA 332.0. Esta configuración de la IC-MS/MS evita la posible interferencia del sulfato.