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El perclorato es un contaminante común del agua potable. Además de estar presente en algunas fuentes naturales, procede principalmente de lejías, productos de desinfección y propergoles. La detección del perclorato tiene lugar tras la separación en la columna Metrosep A Supp 7 - 250/4,0 mediante supresión secuencial y detección de conductividad.

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