La contaminazione da perclorato dell'acqua potabile può avere varie origini. Oltre ai depositi naturali, vi sono fonti antropogeniche, come fertilizzanti e residui di combustibile per razzi, che vanno ad aggiungersi alla rischiosa contaminazione dell'acqua. Il perclorato interferisce con l'assorbimento dello iodio nella ghiandola tiroidea. Il problema interessa soprattutto neonati e bambini, che sono particolarmente vulnerabili in quanto gli ormoni tiroidei sono essenziali per la crescita. Oltre alla cromatografia ionica (IC) seguita dal rilevamento della conducibilità, per misurare la concentrazione di perclorato fino a livelli sotto-µg/L, è possibile usare la cromatografia IC combinata a un rilevatore MS. In questa applicazione l'IC è combinata a un MS a triplo quadrupolo (IC-MS/MS) per la determinazione del perclorato, al fine di soddisfare i requisiti della norma EPA 332.0. Questa configurazione IC-MS/MS evita la possibile interferenza del solfato.
