In farmacia, gli ingredienti farmaceutici ben miscelati sono essenziali. Questo vale per il principio attivo farmaceutico così come per lubrificanti, leganti, agenti disgreganti e coloranti e ossidanti. L'analisi di questi componenti secondari è complessa, in genere sono analizzati raramente. Con la spettroscopia NIR può essere facilmente monitorato l'avanzamento dei processi di miscelazione sia attraverso il confronto visivo, sia tramite algoritmi spettrali. Con questi è possibile prevedere in tempo reale il progresso dei processi di miscelazione utilizzando lo spettro.